Protokoły leczenia w terapii poznawczo-behawioralnej tworzone są zawsze w oparciu o poprzedzające je badania kliniczne nad ich skutecznością, analogiczne do badań nad skutecznością farmakoterapii - eksperymentalne i wpisane w nurt medycyny opartej na dowodach. W literaturze przedmiotu opisano kilkaset kontrolowanych badań naukowych, których przedmiotem była skuteczność psychoterapii CBT. W terapii CBT stosuje się standardy oceny skuteczności podjętych oddziaływań, podobne do przyjętych w naukach medycznych, zgodnie z kolejnością: objawy— diagnoza — leczenie — ocena skutków. Jest to o tyle ważne, że w pozostałych metodach psychoterapii skuteczność technik ocenia się  zwykle na podstawie subiektywnego przekonania terapeuty. Ponadto pacjenci uczestniczący w terapii CBT zdecydowanie rzadziej doświadczają nawrotu zaburzenia, niż osoby poddane innym rodzajom psychoterapii czy też tylko farmakoterapii. Wynika to z charakterystyki terapii poznawczo- behawioralnej. Psychoterapeuta wyposaża pacjenta w wiele narzędzi do pracy własnej, dzięki którym pacjent może już po zakończeniu terapii regulować swój nastrój, ograniczać dezadaptacyjne myśli i zmieniać zachowania.

Terapię poznawczo-behawioralną prowadzą certyfikowani psychoterapeuci (psycholodzy i lekarze), którzy ukończyli 4-letnie specjalistyczne studia i zdali pozytywnie egzamin, otrzymując stosowny certyfikat oznaczony numerem lub psycholodzy i lekarze w trakcie szkolenia certyfikującego pod nadzorem superwizorskim.

Pacjent i terapeuta aktywnie pracują nad zidentyfikowaniem problemu i określeniem celów terapii. Poszukując związku pomiędzy myślami i interpretacją zdarzeń a emocjami, uczuciami i zachowaniem, koncentrują się głównie na problemach pojawiąjących się w obecnym etapie życia. W toku terapii pacjent odkrywa jakie posiada wzorce zależności pomiędzy myślami, emocjami i zachowaniami. Wie jakie strategie i dlaczego są stosowane przez terapeutę. Uczy się technik, które pozwalają mu samodzielnie radzić sobie z pojawiającymi się trudnościami, razem z terapeutą ocenia ich skuteczność. Pacjent ma prawo zgłaszać wątpliwości, nie zgadzać się z terapeutą a także poprosić o jego zmianę.

Sesje odbywają się zwykle raz w tygodniu i trwają 50 minut. Terapia poznawczo-behawioralna jest terapią krótkoterminową, co oznacza, że zwkle trwa od kilku do kilkunastu spotkań. Długość terapii może być jednak bardzo różna, w zależności od ilości i złożoności problemów z jakimi zgłasza się pacjent. Po zakończeniu terapii mże odbyć się jeszcze kilka spotkań w dłuższych odstępach czasu (np. kilka miesięcy), w celu podtrzymania efektów terapii. W zależności od natężenia problemów psychoterapia może być stosowana samodzielnie lub w połączeniu z farmakoterapią.